Caroline Knupfer war von 2012-2019 unter Staatsrat Pierre-Yves Maillard stellvertretende Generalsekretärin des Departements für Gesundheit und Soziales. Seit Mitte 2019 ist sie Verantwortliche für Sozialpolitik und Ausbildung bei der Generaldirektion für sozialen Zusammenhalt des Departements für Gesundheit und Soziales des Kantons Waadt.